Szpitalem kieruje i reprezentuje go na zewnątrz Dyrektor Jan Gessek na podstawie pełnomocnictwa udzielonego przez Prezydenta Miasta Torunia i w tym zakresie samodzielnie podejmuje czynności dotyczące Szpitala oraz ponosi za nie odpowiedzialność. Dyrektor jest przełożonym wszystkich pracowników Szpitala.

Dyrektor kieruje Szpitalem przy pomocy Zastępcy Dyrektora ds. Lecznictwa (lek. Sergiusz Sowiński), Zastępcy Dyrektora ds. pielęgniarstwa (mgr Łucja Stalmirska) oraz Zastępcy Dyrektora ds. Finansowych (dr Zbigniew Marcinkiewicz).

Przy Szpitalu działa Rada Społeczna, która jest organem inicjującym i opiniodawczym Gminy Miasta Toruń oraz organem doradczym Dyrektora Szpitala.