Początki Szpitala sięgają 1868 roku. Budynki ówczesnej lecznicy mieściły się przy ul. Dąbrowskiego, jednak na skutek rosnących potrzeb rozwijającego się miasta, wystąpiono o budowę nowego szpitala przy ul. Batorego. W dniu 28 sierpnia 1868 roku położono kamień węgielny, budowę rozpoczęto w 1908 roku, a już 4 maja 1910 roku oddano szpital do użytku. W roku 1913 leczono ponad 2000 chorych. Po 1920 roku Szpital Miejski liczył 125 łóżek umieszczonych w kilku budynkach, które były zniszczone i nie odpowiadały wymogom higieny. Trudna sytuacja lokalowa spowodowana głównie wadliwą lokalizacją szpitala w nieodpowiednich budynkach zmieniła się dopiero w dniu 1 maja 1937 roku. Dzięki zawarciu przez Zarząd Miejski umowy ze Starostwem powiatowym w Toruniu, wydzierżawiono dla potrzeb Szpitala Miejskiego kompleks budynków dawnego szpitala Diakonisek przy ul. Batorego. W budynkach tych zostały pomieszczone oddziały: wewnętrzny, chirurgiczny, zakaźny. Szpital Miejski dysponował odtąd 280 łóżkami (212 łóżek przy ul. Przedzamcze i 68 przy ul. Batorego). Według stanu z dnia 12 listopada 1937 roku personel szpitala liczył 116 osób, w tym 12 lekarzy, 34 osoby personelu pomocniczo-lekarskiego, 34 osoby personelu administracyjno-gospodarczego i 36 salowych. Po wyzwoleniu funkcje szpitala przejął obiekt przy ul. Przedzamcze 10. W marcu 1946 roku ponownie podstawowe oddziały wróciły do szpitala przy ul. Batorego. W roku 1962, po rozbudowie placówka dysponowała 357 łóżkami.

Zgodnie z przyjętą misją szpitala, celem zakładu jest zaspakajanie przede wszystkim potrzeb zdrowotnych mieszkańców Torunia i okolic, oferując skuteczne metody leczenia, nowoczesną diagnostykę, troskliwą opiekę lekarską i pielęgniarską, a ponadto podnoszenie świadomości w zakresie zachowań prozdrowotnych poprzez skuteczną edukację i realizację programów profilaktycznych. Specjalistyczny Szpital Miejski im. M. Kopernika w Toruniu jest samodzielnym publicznym zakładem opieki zdrowotnej utworzonym przez Gminę Miasta Torunia. Obszar działania Szpitala, którego siedziba znajduje się przy ul. Batorego 17/19 obejmuje teren Rzeczypospolitej Polskiej. Nadzór nad Szpitalem sprawuje Prezydenta Miasta Torunia. Przy Szpitalu działa 7- osobowa Rada Społeczna, która jest organem inicjującym i opiniodawczym Gminy Miasta Torunia oraz organem doradczym Dyrektora Szpitala. Specjalistyczny Szpital Miejski im. M. Kopernika w Toruniu do 30.06.1994 r. funkcjonował obok placówek lecznictwa ambulatoryjnego jako Zespół Opieki Zdrowotnej. W kolejnych etapach restrukturyzacji następowało wydzielenie jednostek podstawowego lecznictwa – przychodni rejonowych – następnie zespołu poradni specjalistycznych.

Od 1996/1996 roku ze środków budżetu Gminy realizowany był wieloletni program inwestycyjny p.n. „Rozbudowa i modernizacja Szpitala Miejskiego”. W ramach tego programu kompleksowo zmodernizowano budynek szpitalny, w którym zlokalizowane są oddziały szpitalne, wybudowano budynek administracyjno-medyczny, oddano do użytku nowy obiekt z nowoczesnymi blokami operacyjnymi, odziałem hematologii, apteką oraz zaadaptowano pomieszczenia po byłej kuchni na pracownię hemodynamiczną. Przeprowadzono remont i modernizację wszystkich oddziałów zlokalizowanych w budynku głównym szpitala. Nakłady finansowe Gminy dotyczą również zakupów sprzętu i aparatury medycznej. Ich realizacja odbywa się w oparciu o corocznie przygotowywany przez Prezydenta i zatwierdzany przez Radę Społeczną Szpitala plan zakupów przy współudziale środków finansowych z UE.

Od stycznia 1998 roku podstawowa działalność statutowa Szpitala realizowana jest w wyodrębnionych funkcjonalnie i organizacyjnie oddziałach, zakładach, pracowniach i poradniach.