Oddział Hematologii i Transplantacji Szpiku znajduje się w budynku „D”. Obecnie oddział liczy 18 łóżek, w tym 6 łóżek izolowanych z nawiewem laminarnym oraz 10 łóżek dla pacjentów przeszczepowych, które znajdują się w budynku oddanym do użytku w 2020 roku. Oddział jest także dostosowany do hospitalizacji w trybie jednego dnia.

Działalność Oddziału obejmuje diagnostykę, leczenie i opiekę ambulatoryjną nad chorymi na nowotworowe i nienowotworowe choroby układu krwiotwórczego oraz udzielanie konsultacji. Rocznie wykonywanych jest ok. 2500 hospitalizacji i ponad 10.000 porad hematologicznych. Prowadzimy leczenie pacjentów wymagających intensywnej chemioterapii (ostre białaczki), a także terapii immunoablacyjnej w aplazji szpiku. Zajmujemy się chorymi na szpiczaka plazmocytowego, amyloidozę, chłoniaki, mieloproliferacje i zespoły mielodysplastyczne. U chorych zakwalifikowanych do przeszczepienia własnego szpiku, stosowana jest chemioterapia mobilizująca krwiotwórcze komórki macierzystych. Zabiegi przeszczepiania autologicznego (własnego) szpiku są prowadzone na terenie Oddziału w ośrodku przeszczepowym. Jako ośrodek referencyjny prowadzimy diagnostykę i leczenie wrodzonych zaburzeń krzepnięcia. Prowadzimy substytucje immunoglobulin u chorych z pierwotnymi i wtórnymi niedoborami odporności oraz diagnozujemy schorzenia dotyczące układu odporności. W Oddziale wdrażane są nowoczesne metody leczenia chorób szpiku i krwi. Prowadzimy leczenie w ramach programów lekowych NFZ w chorobach hematologicznych. Oddział posiada akredytację do prowadzenia specjalizacji w zakresie hematologii. Oddział Jest częścią szpitala specjalistycznego, dysponującego zaawansowanym sprzętem medycznym. Zapewniamy najwyższą jakość usług medycznych i bezpieczeństwo na każdym etapie diagnostyki oraz leczenia. Oddział blisko współpracuje z Bankiem Krwiotwórczych Komórek Macierzystych, gdzie dokonywana jest:
• preparatyka komórek krwiotwórczych przed autologicznymi przeszczepieniami
• zamrażanie komórek krwiotwórczych do przeszczepienia,
• bankowanie komórek krwiotwórczych.

Diagnoza oraz ścieżka leczenia konsultowana jest w razie potrzeby ze specjalistami innych Oddziałów Szpitala. W zakresie interdyscyplinarnej opieki nad chorymi Oddział Hematologii i Transplantacji Szpiku współpracuje również z psychologiem klinicznym i dietetykiem.

Zespół lekarzy kierowany przez Dr. n. med. Grzegorza Charlińskiego składa się ze specjalistów chorób wewnętrznych, nefrologii, transplantologii, hematologii i transplantologii klinicznej. Dr. Grzegorza Charlińskiego przeprowadził pierwszy przeszczep szpiku u dorosłych w województwie kujawsko-pomorskim. W 2017 rok, czyli w pierwszym roku po uzyskaniu akredytacji na przeszczepienia szpiku, wykonał takich zabiegów łącznie 11, za co otrzymywał nagrody zarówno od marszałka województwa, jak i od prezydenta miasta Torunia.
W roku 2023 w celu stworzenia, prowadzenia i wspierania działalności diagnostycznej, leczniczej, profilaktycznej, naukowej, badawczej na rzecz chorych na szpiczaka mnogiego i inne choroby nowotworowe krwi oraz osób zagrożonych tymi chorobami przy Oddziale Hematologii i Transplantacji Szpiku zostało powołane Toruńskie Centrum Leczenia Szpiczaka i Amyloidozy. Najważniejszym celem Centrum jest zorganizowanie i prowadzenie diagnostyki i leczenia chorych na szpiczaka i inne choroby nowotworowe krwi oraz stworzenie nowej jakości leczenia pacjentów chorujących na szpiczaka mnogiego poprzez kompleksowe podejście do tego złożonego nowotworu, na miarę XXI wieku. Dzięki interdyscyplinarnej współpracy pacjenci w stanie wymagającym indywidualnego leczenia, mają ułatwiony kontakt ze specjalistą.