Szpitalem kieruje i reprezentuje go na zewnątrz Dyrektor mgr Justyna Wileńska na podstawie pełnomocnictwa udzielonego przez Prezydenta Miasta Torunia i w tym zakresie samodzielnie podejmuje czynności dotyczące Szpitala oraz ponosi za nie odpowiedzialność. Dyrektor jest przełożonym wszystkich pracowników Szpitala.
Dyrektor kieruje Szpitalem przy pomocy Zastępcy Dyrektora ds. Lecznictwa (lek. Sergiusz Sowiński) oraz Zastępcy Dyrektora ds. pielęgniarstwa (mgr Łucja Stalmirska).
Przy Szpitalu działa Rada Społeczna, która jest organem inicjującym i opiniodawczym Gminy Miasta Toruń oraz organem doradczym Dyrektora Szpitala.
